Im 19. Jahrhundert nahm Dr. Mikao Usui die Herausforderung seiner Schüler an der Universität in Kyoto/Japan an. Sie hatten ihn gebeten, die Heilungswunder von Jesus Christus zu demonstrieren. Dr. Usui war es nicht möglich, dies zu tun, und er machte sich daher auf die Suche, um diese alte Heilkunst wieder zu entdecken. Durch umfassende Studien und Forschungen in den USA und Japan, wo er die christlichen Schriften in japanisch und englisch und die alten buddhistischen Sutras in japanisch, chinesisch und Sanskrit studierte, entdeckte er schliesslich bestimmte Symbole. Nachdem er 21 Tage auf einem heiligen Berg gefastet und meditiert hatte, wurden ihm die Heilungssymbole und ihre Anwendung in einer Vision übermittelt. So wurde das USUI SHIKI RYOHO, das USUI-System der natürlichen Heilung, begründet. Dr. Usui verbrachte den Rest seines Lebens damit, Reiki zu lehren und auszuüben.

Nach seinem Tod wurde einer seiner engsten Mitarbeiter, Chujiro Hayashi, sein Nachfolger und Grossmeister des Reiki. Er gründete eine Reiki-Heilungsklinik in Tokyo, wo Reiki gelehrt und unter seiner Führung praktiziert wurde. Hayashi entdeckte, dass Reiki von selbst die Ursache der Symptome findet, mit Energie auffüllt und das Gleichgewicht wieder herstellt. Er hinterliess Aufzeichnungen und Berichte von Behandlungen.

1935 wurde eine junge Frau aus Hawaii, Hawayo Takata, zu Hayashi's Klinik geführt, nachdem ihr eine innere Stimme gesagt hatte, dass sie für ihr Leiden keine Operation benötige. Sie wurde durch Reiki in Hayashi's Klinik geheilt, erlernte Reiki und reiste zurück nach Hawaii, wo sie 1938 von Hayashi zur Reiki-Meisterin eingeweiht wurde. Nach Hayashi's Ableben 1941 wurde Hawayo Takata Grossmeisterin des Reiki.

Über 40 Jahre lang führte Hawayo Takata die Reiki-Tradition weiter, und 22 Reiki-Meister wurden von ihr ausgebildet und eingeweiht. Nach ihrem Hinschied 1980 setzte ihre Enkelin, Phyllis Lei Furumoto, die spirituelle Linie der Grossmeister fort. Im Frühjahr 1988 gab Phyllis Furumoto ihren Segen und die Ermächtigung zur Meister-Einweihung an die Reiki-Meister und Meisterinnen weiter, die sich bereit und in der Lage fühlen, andere Reiki MeisterInnen auszubilden und einzuweihen.